舟山医院是我市唯一一家三级甲等综合医院。目前占地235亩，医疗用房10余万平方米。在职在编职工1563人，卫技人员1350人，达86.3%。有国务院特殊津贴和省部级领军人才1名，浙江大学及温州医科大学硕士生导师15名，博士14名，博士后2名，硕士142名，现有正高124名，副高227名。医院开放床位1065张，设24个病区以及老年医学中心、眼科中心、综合ICU及EICU。有256排螺旋CT、3.0T核磁共振仪等大型医疗设备。有256排螺旋CT、3.0T核磁共振仪等大型医疗设备。2021年度医院门急诊130.0万人次，较上年增加25.39%；出院4.35万人次，较上年增加12.45%；开展手术1.96万例次，较上年增加16.36%。
医院现有省市共建重点学科4个。于2021年10月，顺利通过浙江省卫生健康委第四周期综合医院等级复评。医院先后获得国家级标准版胸痛中心、国家高级卒中中心评审、心衰中心授牌、构建舟山群岛一体化急性胸痛急诊急救“一张网”海岛救治模式，通过国家级呼吸与危重症医学科（PCCM）规范化建设项目认定。医院肺癌研究中心、肝胆疾病诊治中心、胃肠疾病诊治中心、脑卒中诊治中心、胸痛诊治中心、运动医学中心、创伤中心等学科辐射全市。心脏及大血管手术为市内独有，腔镜、内镜、介入治疗水平市内领先，细胞分子细胞实验室为市内唯一临床基础研究平台。
医院积极融入长三角合作，于2017年6月成为浙江大学合作医院，现有11个专业对接进行学科建设。其中浙一以肝脏外科、胸心外科为主；浙二以心血管内科为主；邵逸夫医院以腔镜等微创手术治疗为主。同时大力推进与上海知名医院合作，主要与复旦大学中心医院开展内镜工程、大血管介入手术、肝癌综合治疗等。
近三年来，医院承担国家、省、市级科研项目60余项。发表论文411篇。获国家授权专利和软件著作权共57项。建设国家级住院医师规范化培训基地，有2家住培协同体基地，承担18所高等医学院校13个专业的教学任务。承担国家级、省级继教项目37项，结业考核通过率主体基地、协同基地100%。